В акции «Ночь музеев-2016» работали 23 государственных и 62 муниципальных музеев, 13 музеев при культурно-досуговых и библиотечных учреждениях, Музей почты (г. Уфа), Центр современного искусства «Облака», Интерактивный музей занимательных наук «Интеллектус», интерактивная выставка «Алиса в Стране наук» Политехнического музея и зоопарк «Лесное посольство».
По традиции «Ночь музеев» открыл Музей почты, который находится в здании Уфимского почтамта. Здесь состоялась презентация специального почтового штемпеля, посвященного «Ночи музеев», с изображением здания Национального музея Башкортостана. Специальный штемпель был выпущен издательским центром «Марка» по инициативе Башкирского филиала Почты России. В Музее почты прошло гашение почтовой продукции этим штемпелем.
Впервые в рамках «Ночи музеев-2016» в Уфе была проведена квест-игра «Собери фильм», которая объединила Национальный музей Башкортостана, Башкирский государственный художественный музей имени М. В. Нестерова, Республиканский музей Боевой Славы и Национальный литературный музей РБ. В квесте приняли участие 552 человека, 156 стали победителями и были награждены сертификатами на бесплатное посещение любого из четырех музеев.
В главном художественном музее республики - имени М. В. Нестерова работали межрегиональная выставка омских художников «Визиты», выставка «Верность мастерству. Живопись художников-реалистов ХХ века», выставка народного художника республики Зуфара Гаянова «Мои откровения». В экспозиции был показан оригинальный киномикс из российских художественных фильмов.
В фойе музея расположился арт-базар, на котором были представлены предметы декоративно-прикладного искусства, изделия из камня и в технике батик. Мастер-классы для детей по рисунку, живописи и декоративно-прикладному искусству проводили арт-студия Анастасии Николаевой «Я рисую» и арт-студия Эльзы Кутлубаевой «Латифа».
Перед собравшимися выступили певец и композитор Артур Булатов, исполнивший песни из российских кинофильмов, хор духовной музыки «Жемчужина», группы «Белый ворон», группы этнических барабанов «Ufa Ethno Drums», вокалист и гитарист Л. Швецов и рок-группа «Громовые коты».